Совсем от накруток избавиться невозможно, можно только сделать их более трудными.
Например, Вы также можете передавать данные через get параметры запроса к банеру, которые будут намертво вшиваться в код страницы, поэтому при простой очистке куков информация будет сохранятся. Это повысит устойчивость "от чайников, которые знают про очистку куков", но не принципиально.
Также можно вынести все банеры на поддомен и выдавать для этого поддомена свои куки, например, если у Вас сайт "aaa.ru", а банеры работают на поддомене "zzz.aaa.ru", то в списке куков, например FireFox они будут в разных концах списка. Поэтому есть вероятность, что очистив куки от основного сайта могут и не догадаться очистить куки с поддомена банеров. Это тоже повысит устойчивость ко взлому.
Далее, Вы можете добавлять код банеров в страницу не стандартным способом, формируя его на сервере, а более хитро, например через iframe или загрузку с сервера JavaScript файла, который формирует код отображения банеров на нужном месте. Это чисто для запутывания.
Плюс комбинация различных стратегий, защиты от взлома, применение шифрования и т.д.
Ну и естественно, можно придумать еще много чего интересного, но главное, помните, "Where is no silver bullet". Любую систему противодействия, которую Вы придумаете, можно обойти, вопрос только в затратах на обход, так что здесь главное вовремя остановиться.
