Не скачивайте — ссылайтесь
Готовая версия highlight.js хостится на Яндексе и вы можете ссылаться на неё напрямую:
<script src="http://yandex.st/highlightjs/6.2/highlight.min.js"></script>
Эта версия содержит только некоторые наиболее часто используемые языки: HTML/XML, Javascript, CSS, PHP, Ruby, Perl, Python, C++, C#, Java, SQL, Bash, Ini, Diff. Другие языки можно получить, скачав собственную упакованную версию (см. ниже).
Вы также можете использовать различные стилевые темы для highlight.js
<link rel="stylesheet" href="http://yandex.st/highlightjs/6.2/styles/default.min.css">
Доступные стили можно подсмотреть в исходнике тестовой страницы highlight.js (и не забудьте добавить ".min" перед ".css".
Собственная версия
Highlight.js поддерживает много языков и может быть довольно большим. В вашей загрузке будет лежать упакованная рабочая версия с только выбранными языками.
Включать в highlight.pack.js: